행정소송에서 그 청구대상 기관과 소송대상 행정처분을 특정하는 것이 쉽지 않습니다. 언뜻 보면 특별히 문제될 것 없어 보이지만, 최종적 제재처분이 아니라 중간평가에 따른 중도적, 잠정적 연구중단 조치와 연구비 집행중지 조치 그 자체를 행정소송의 대상으로 할 수 있는지 여부에 대해 판단이 엇갈린 사안입니다.
최종 제재처분을 대상으로 행정소송을 할 수 있습니다. 만약, 위와 같이 연구중단 및 연구비 집행중지 통지를 대상으로 한 행정소송을 제기한 탓에 그 최종 제재조치에 대한 행정소송 제소기한을 넘긴 상황이라면, 실제 행정소송을 담당하는 변호사에게는 매우 중요한 문제가 되는 쟁점입니다.
서울고등법원은 중간평가 후 통지한 연구중단 조치와 연구비 집행중지 조치는 중도적, 잠정적 통지로 행정소송(항고소송)의 대상이 되지 않는다고 판결하였습니다. 그러나, 대법원은 행정소송의 대상인 된다는 입장에서 원심을 파기 환송하는 판결을 하였습니다. 대법원 판결이유 요지는 다음과 같습니다.
"국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제17조 제1항 제2호, 제11조 제2항에 따른 연구개발 중단 조치와 연구비의 집행중지 조치는 행정청이 최종적으로 협약의 해약 여부를 결정하기 전까지 일단 주관연구기관의 연구개발과 연구비 사용을 중지시킴으로써 연구비환수 등 해약에 따른 후속 조치의 실효성을 확보하기 위한 잠정적, 임시적인 조치이므로 이러한 조치를 할 수 있는 권한은 협약을 체결한 행정청에게 부여되는 것이 그 성질에 부합한다.
따라서 국가연구개발사업규정에 따라 전문기관의 장이 한 연구개발 중단조치와 연구비 집행중지조치는 연구개발을 중단하고 기지급된 연구비를 더 이상 사용하지 말아야 할 공법상 의무를 부과하는 것이고, 연구개발 중단 조치는 협약의 해약 요건에도 해당하며, 이러한 조치가 있은 후에는 주관연구기관이 연구개발을 계속 하더라도 그에 사용된 연구비는 환수 또는 반환 대상이 되므로, 이 사건 각 조치는 원고들의 권리, 의무에 직접적인 영향을 미치는 행위로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다."
실무적으로, 중간평가에 따른 중도적, 잠정적 연구중단 조치와 연구비 집행중지 조치에 대해 행정소송을 제기하면서 효력정지(집행정지)신청을 할 수 있는지 여부가 중대한 의미를 갖습니다. 왜냐하면, 중간평가에 따른 연구중단 및 연구비 집행중지 조치에 대해 이의를 제기하더라도 최종 결론까지 상당한 시일이 걸리는데, 그동안 연구를 계속하면서 다툴 수 있는지, 아니면 일단 연구를 중단한 상태에서 다투어야 하는지를 결정하기 때문입니다. 특히 대학교수의 경우 국책과제 연구의 즉시 중단 및 연구비 집행중지 여부는 연구실험실 운영뿐만 아니라 참여연구원 대학원생의 졸업여부 등에 지대한 미치는 영향을 미치는 사항입니다.
따라서, 중간평가에 따른 연구중단 조치와 연구비 집행중지 조치에 대해 그 최종 처분이 나오기 전에 중도적 조치에 대해 즉각 행정소송과 효력정지(집행정지)신청을 제기할 수 있다면 연구중단 조치와 연구비 집행중지 조치의 집행정지를 통해 행정소송 본안사건의 1심 판결이 나오는데 필요한 기간, 즉 최소한 몇 개월 내지 약 1년 동안 연구를 계속할 수 있는 기회를 얻을 수도 있습니다.