(1) 항고소송의 대상이 되는 행정청의 처분이라 함은 원칙적으로 행정청의 공법상의 행위로서 특정사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 권리의무에 직접 관계가 있는 행위를 말한다(대법원 1993. 10. 26. 선고 93누6331 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두18362 판결 등 참조).
(2) 행정청이 자신과 상대방 사이의 법률관계에 관하여 일방적인 의사표시를 하였다고 하더라도 곧바로 그 의사표시가 행정청으로서 공권력을 행사하여 행하는 행정처분이라고 단정할 수는 없고, 관계 법령이 상대방의 법률관계에 관하여 구체적으로 어떻게 규정하고 있는지에 따라 그 의사표시가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것인지 아니면 공법상 계약관계의 일방 당사자로서 대등한 지위에서 행하는 의사표시인지 여부를 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1996. 5. 31. 선고 95누10617 판결, 대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두6244 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2015두41449 판결 등 참조).
(3) 이 사건 통보는 전문기관의 장이 전문기관을 대표하여 협약을 체결한 당사자의 지위에서 협약에서 정한 내용에 따라 권리행사를 한 것이므로 공법상 계약에 따라 행정청이 대등한 당사자의 지위에서 한 의사표시로 봄이 타당하고, 이를 행정청이 우월한 지위에서 행하는 공권력의 행사로서 행정처분에 해당한다고 볼 수 없다.
(4) 환경기술 및 환경산업 지원법(이하 ‘환경기술산업법’이라 한다)은 같은 법 제5조에 근거한 환경기술개발사업과 같은 법 제8조 및 제13조의4에 근거한 지원대상 사업을 구분하고 있다. 이에 따라 환경기술개발사업에 대하여는 환경기술산업법 제5조의2 제1항 등에서 환경부장관에게 참여제한 및 사업비 환수 등의 처분을 할 권한을 부여하고 있고, 주위적 피고는 같은 법 제31조 제2항 제1호 등에 따라 그에 대한 권한을 위탁받아 행사할 수 있다. 그러나 국제공동연구의 촉진 또는 해외시장 진출지원에 관한 규정인 환경기술산업법 제8조 및 제13조의4에 근거하여 진행되는 지원대상 사업에 관하여는 주관사업기관 등에 대하여 참여제한 또는 사업비 환수 등의 제재조치를 할 수 있는 구체적인 법령상 근거가 없다.
(5) 이 사건 사업은 환경기술 및 환경산업에 관한 인력․정보의 국제교류, 해외시장 개척 등을 목적으로 정부지원금이 출연된 사업이므로, 원고와 피고가 체결한 이 사건 협약은 환경기술산업법 제8조 및 제13조의4에 따른 지원대상 사업과 관련하여 체결된 것인바, 이는 공법상 대등한 당사자 사이의 의사표시의 합치로 성립하는 공법상 계약에 해당한다고 봄이 타당하다.
(6) 관리지침 중 사업비 환수 등 제재조치에 관한 사항은 기타 사항으로 이 사건 협약에 포함되어 있고, 이에 따라 피고가 제재조치를 통보한 경우 그 효과는 전적으로 이 사건 협약과 관리지침이 정한 바에 따라 정해질 뿐 달리 제재조치의 효과 또는 이에 수반되는 행정상 제재 등에 관하여 관련 법령에 아무런 규정이 없다.
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