(1) 백신개발연구개발과제 연구비 계열사 지출, 계상 불인정, 정산 및 반환통지 불복, 연구비 정산 및 반환통지 불복 소송 – 당사자소송, 피고 대한민국 BUT 전문기관 한국보건산업진흥원 or 사업단 – 부적법, 각하
(2) 판결요지: ① 이 사건 반납안내는 피고 사업단 또는 진흥원이 우월적 지위에서 일방적으로 하는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용에 해당한다고 볼 수 없어 ’처분’에 해당하지 않으므로 그 취소를 구하는 것은 항고소송의 대상적격을 흠결한 것이고, ② 피고 진흥원이나 사업단은 항고소송의 피고적격을 가지는 행정청으로 볼 수 없으며, 특히 피고 사업단은 법인격이 없어 독립한 권리ㆍ의무의 주체가 될 수 없으므로 당사자능력도 인정되지 않아 위 취소청구는 모두 부적법하다.
이 사건 협약은 대등한 당사자의 지위에서 체결하여 연구과제를 수행하였으므로 이 사건 협약에 따른 법률관계는 피고들의 일방적인 공권력 행사에 따라 형성된 것이 아닌 대등한 당사자 사이의 의사 합치를 통하여 체결된 공법상 계약에 해당한다. 이 사건 반납안내는 피고 사업단이 원고와 대등한 당사자로서 체결한 이 사건 협약에서 정한 정산절차를 거쳐 정산금의 반환을 최고한 것에 불과하고, 피고 진흥원 또는 사업단이 우월적 지위에서 일방적으로 행하는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용이라고 볼 수 없으므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않는다.
(3) 규정 - 연구개발기관의 장은 ’영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용‘은 연구개발비로 계상하여서는 아니 된다고 규정하고 있다.
(4) 판결요지: ’영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사‘에 해당하는 경우에는 연구개발비를 계상ㆍ사용할 수 없는 것으로 규정하고 있으므로, 이를 이유로 연구개발비를 회수하기 위해서는 연구개발기관과 그와 거래한 회사가 서로 계열사에 해당한다는 것만으로 부족하고 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 경우이어야 함은 문언상 명백하다. ’영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사‘에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석할 필요가 있다.
(5) 연결재무제표를 작성하는 관계이고 유일한 이사가 지분을 소유하고 있는 C의 부사장이기는 하지만 원고의 대표이사 또는 이사 등 임원이 아니어서 원고의 의사결정에 실질적으로 영향을 미친다고 단정할 수 없다. 자회사이고 손자회사라는 사정만으로 원고와 B의 인적구분이 불명확하다고 볼 수 없다. 또한, ② 사업장 소재지와 조직, 직원 등이 서로 다르므로, 피고들이 주장하는 바와 같이 B가 직원이 7명인 소기업으로 자본금과 순자산의 규모가 매출액에 비하여 작고, 주로 C 계열사에 물품을 공급하고 있는 것으로 보이며, 채용공고에 C 그룹계열사로 표기하고 있다는 사정만으로 원고와 B의 물적 구분이 불명확하다고 볼 수 없다. 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적ㆍ물적 구분이 명확하지 아니한 계열사‘에 해당한다고 인정할 수 없다.
첨부: 서울행정법원 2025. 12. 4. 선고 2025구합53112 판결
